Valutazioni approfondite del microbioma dell’aria attraverso il sequenziamento nanoshotgun – biorxiv.org
Nota dell'editore: Quando entri in un veicolo spaziale o arrivi su un nuovo mondo abitato, potresti voler avere il tuo dispositivo 3D in modo da poter scansionare rapidamente l'atmosfera che tu e il tuo team potreste presto respirare. Ecco un approccio da considerare mentre progettiamo questi dispositivi 3D utilizzando il sequenziamento delle nanogun.
Sebbene sia noto che il microbioma dell’aria e la sua diversità sono essenziali per la salute umana e la resilienza dell’ecosistema, l’attuale mancanza di un monitoraggio completo della diversità del microbioma dell’aria significa che si sa poco sulla composizione, distribuzione o sugli effetti funzionali del microbioma dell’aria.
Qui mostriamo che il sequenziamento delle nanogun può valutare in modo affidabile il microbioma dell’aria in combinazione con il campionamento attivo dell’aria attraverso l’impatto di liquidi e l’analisi computazionale su misura. Forniamo protocolli di laboratorio e computazionali per la profilazione del microbioma atmosferico e valutiamo in modo affidabile la composizione tassonomica del microbioma atmosferico sottostante in ambienti naturali controllati.
Sulla base di assemblaggi de novo di letture di lunghe sequenze, identifichiamo anche taxa di diversi microrganismi atmosferici fino al livello di specie e annotiamo le loro funzioni ecosistemiche, compreso il loro potenziale ruolo nei processi naturali di biodegradazione.
Poiché il monitoraggio dell’aria tramite sequenziamento dei nanopori può essere utilizzato in modo automatizzato, rapido e portatile per applicazioni in situ in tutto il mondo, immaginiamo che questo approccio possa aiutare a esplorare in modo completo il ruolo del microbioma dell’aria.
Valutazioni approfondite del microbioma dell’aria mediante sequenziamento di nanogun. A. Collisione di liquidi e cascata di nanobuchi nella serra (Gh) come ambiente controllato. B. Il sequenziamento dei nanopori legge la distribuzione della lunghezza su campioni da 1 ora e 3 Gh. CD. Numero di letture di sequenze totali, mappatura delle letture a livello tassonomico e di genere, nonché ai 20 generi più comuni utilizzando Kraken2 (materiali e metodi) su campioni C. 1h- e D. 3-Gh; La soglia di riduzione tra i campioni è indicata dalla linea orizzontale tratteggiata. E.F. Composizione tassonomica dei campioni di E. 1 e F. 3h dopo la riduzione in base ai 20 generi più dominanti nei campioni. G. Monitoraggio del microbioma atmosferico nell'ambiente naturale (Nat). H. La sequenza dei nanopori legge la distribuzione della lunghezza nei campioni 3h e 6h-Nat. IJ. Numero di letture di sequenze totali, mappatura delle letture a livello tassonomico e di genere, nonché i 20 generi più dominanti che utilizzano Kraken2 nei campioni I.3h- e J.6-Gh; La soglia di riduzione tra i campioni è indicata dalla linea orizzontale tratteggiata. Kuala Lumpur. Composizione tassonomica dei campioni K.3h e L.6h dopo la riduzione basata sui 20 generi più comuni nei campioni. — biorxiv.org
Monitoraggio dell'aria mediante sequenziamento di nanoporibiorxiv.org
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